В соответствии с решением Ученого совета Северо-Кавказского федерального университета  в структуре вуза произошли изменения. Два института выведены из числа образовательных подразделений,  создано несколько новых факультетов и кафедр.

Из структуры Северо-Кавказского федерального университета исключены:

• Институт живых систем,
• Институт образования и социальных наук.

В структуре вуза появились новые факультеты:

• Психолого-педагогический факультет,
• Факультет пищевой инженерии и биотехнологий,
• Факультет физической культуры и спорта,
• Факультет математики и компьютерных наук имени профессора Н.И. Червякова,
• Медико-биологический факультет.

В структуру Психолого-педагогического факультета вошли следующие подразделения: кафедры педагогики, методологии и технологии образования, общей психологии и психологии личности, коррекционной психологии и педагогики, социальной психологии и психологии безопасности, базовые кафедры консультативной психологии, инновационных технологий и методик обучения и воспитания, учебная лаборатория комплексного психологического исследования личности, учебная лаборатория конфликтологии и медиации, научно-образовательный центр психологического сопровождения личностно-профессионального развития (научно-исследовательская лаборатория «Кросскультурных и психологических проблем развития личности»), учебная лаборатория «ЛогопедиЯ» и центр цифровых образовательных технологий.

Кафедра пищевых технологий и инжиниринга, лаборатория процессов и аппаратов пищевых производств кафедры пищевых технологий и инжиниринга, кафедра прикладной биотехнологии, базовая кафедра технологии мяса и мясных продуктов, базовая кафедра технологии молока и молочных продуктов, международная научно-исследовательская лаборатория электро-баромембранных технологий, научно-исследовательская лаборатория «Нанобиотехнология и биофизика», центр биотехнологического инжиниринга вошли в состав Факультета пищевой инженерии и биотехнологий.

Факультет физической культуры и спорта включил в себя кафедры физической культуры, теории и методики спорта, оздоровительной и адаптивной физической культуры, образовательных технологий физической культуры и спорта.

В структуру Медико-биологического факультета вошли: кафедра биохимии, молекулярной биологии и медицины, кафедра эволюционной экологии и биоразнообразия, кафедра анатомии и физиологии, кафедра клинической медицины, базовая кафедра микробиологии, базовая кафедра генетики и селекции, учебно-научная лаборатория «Перспективные биомодифицируемые материалы», аккредитационно-симуляционный центр (центр практических навыков), научно-образовательный центр фундаментальных проблем изучения и сохранения биоразнообразия, межкафедральная научно-образовательная лаборатория экспериментальной иммуноморфологии, иммунопатологии и иммунобиотехнологии.

Кафедры социологии, социальных технологий, практической социальной работы и международная научно-исследовательская лаборатория «Инновационные практики в социальной сфере» вошли в состав Института экономики и управления СКФУ.

Институт математики и информационных технологий имени профессора Н.И. Червякова переименован в Институт цифрового развития.

В структуре Физико-технического факультета упразднили кафедру физической электроники с передачей реализуемых направлений подготовки на кафедру инфокоммуникаций Института цифрового развития.

В структуре Гуманитарного института произошло объединение кафедры культуры русской речи для гуманитарных и естественнонаучных специальностей с кафедрой культуры русской речи для технических специальностей, в результате чего была сформирована кафедра русского языка как иностранного.

Также из структуры университета исключена Межинститутская базовая кафедра инновационных технологий и методик обучения и воспитания.

На данный момент в структуру Северо-Кавказского федерального университета входят 8 институтов (в том числе и филиалы):

• Гуманитарный институт,
• Институт экономики и управления,
• Юридический институт,
• Институт цифрового развития,
• Институт наук о Земле,
• Инженерный институт,
• Пятигорский институт,
• Невинномысский технологический институт,

а также 7 факультетов:

• Химико–фармацевтический,
• Физико-технический,
• Медико-биологический,
• Факультет пищевой инженерии и биотехнологий,
• Психолого-педагогический,
• Факультет физической культуры и спорта,
• Факультет математики и компьютерных наук имени профессора Н.И. Червякова.